Ник Фьюри вынужден оставить земные заботы и включиться в привычную работу по защите человечества после обнаружения тела Электры, прибывшей с далекой планеты. Женщина – ниндзя, умело обращаясь с острыми кинжалами, жестоко расправилась с несколькими людьми. Бывший директор секретной организации «Щ.И.Т.» не спешил отвечать на поступающие звонки, надеясь, что ситуация улучшится. Однако возникает мощная угроза со стороны инопланетной расы скруллов, нагло вторгшейся на планету. Опасные существа обладают умением превращаться в любого человека, повстречавшегося на пути или неодушевленный предмет.

Предчувствуя нападение, которое грозит неприятными последствиями, представители службы безопасности вновь объединяют силы. Хитрые противники используют любую возможность, чтобы обмануть супергероев и проникнуть вглубь команды, надеясь посеять раздор в рядах защитников.