Спасатели находят жертв кораблекрушения на острове Бейру, где ранее проводились ядерные испытания. К их удивлению, выжившие не показывают признаков радиации. Исследуя остров, учёные сталкиваются с множеством странностей и обнаруживают двух крошечных фей. Лидер экспедиции решает похитить их. Но эти феи имеют телепатическую связь с гигантским мотыльком по имени Мотра, который немедленно вылетает на помощь.
Долгие годы жители радиационно поражённого островка в Тихом океане поклонялись гигантской бабочке Мотре и её огромному яйцу, из которого должна была вылупиться новая Мотра. Всё меняется, когда тайфун смывает драгоценное яйцо в море, и его вылавливают японские рыбаки. Мотра, вместе с двумя феями-хранительницами, просит вернуть яйцо, но получает отказ. Яйцо попадает в руки крупной корпорации, решившей сделать из него туристическую аттракцию. Однако, когда Годзилла снова начинает терроризировать
Метеорит падает на Землю, принося с собой злобного трёхголового дракона Кинг Гидору. В то же время пробуждаются Годзилла и Родан, которые начинают разрушать японские войска и сражаться между собой. Гигантская бабочка Мотра решает вмешаться и убедить их прекратить вражду, чтобы объединиться против инопланетного врага.