В будущем Земля опустошена. Люди прячутся под землёй, а на поверхности хозяйничают чудовища. Последняя надежда — Мехагодзилла, машина, созданная для уничтожения монстров. Но что-то идёт не так: механический гигант выходит из-под контроля и сам становится угрозой. Кацура, учёный, верит, что только настоящий Годзилла сможет остановить безумного робота. Его дочь, Макото, вместе с пилотом Кэйси отправляется в прошлое — найти древнего ящера и привести его в их время. Но Годзилла не спешит помогать
Главный герой, Рэнтаро, продолжает свой путь мести. Он идёт по следу убийц своей семьи, и каждый шаг даётся ему тяжело. В этом сезоне он сталкивается с кланом ниндзя, которые скрывают правду о прошлом. Среди них — Сино, женщина с тёмными глазами и своими тайнами. Она знает больше, чем говорит. Рэнтаро устал. Его меч стал тяжелее, раны глубже. Но он не может остановиться. Встреча с бывшим наставником, Дзюбэем, ставит всё под вопрос: а точно ли те, кого он преследует, виновны? Тени прошлого