В Нью-Йорке снова неспокойно. Четверо братьев-мутантов — Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело — сталкиваются с новой угрозой. На этот раз всё крутится вокруг древнего изумрудного зелья, способного наделять невероятной силой. За ним охотится коварный профессор Перри, превратившийся в чудовище — Токку. Зелье попадает в руки банды Футов, а затем и Шреддера. Теперь он почти непобедим. Черепахам приходится объединиться со старыми врагами — даже с Крэнгом, лишь бы остановить катастрофу.
В Нью-Йорке снова неспокойно. Шреддер находит древний самурайский шлем, дающий невероятную силу, и замышляет поработить город. Черепашки — Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело — пытаются его остановить, но терпят поражение. Тем временем из прошлого прибывает самурай КенноУ, чей дух заточен в этом шлеме. Он хочет вернуть артефакт и восстановить честь. Черепашки объединяются с ним, но Шреддер уже слишком силён. Битва разворачивается в подземельях и на крышах. КенноУ жертвует собой, чтобы