Зелёная лужа мутагена расползается по канализации, грозя превратить Нью-Йорк в зверинец. Четверо братьев-мутантов, уставших от подземной жизни, снова берутся за нунчаки. Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль сталкиваются с кланом Футов и Шредером, который нашёл способ выпустить на улицы города двух неуправляемых монстров Токка и Разара. Эйприл О’Нил и случайные союзники помогают братьям добраться до источника заразы. Но главная угроза не в когтях мутантов: мутаген меняет не только плоть,
Эйприл О’Нил приносит в подарок Сплинтеру старинный японский скипетр, и эта безделушка с распродажи оказывается машиной времени. Механизм капризный: переносит только при равном весе путешественников с обеих сторон. Эйприл затягивает в феодальную Японию 1603 года, следом за ней ныряют черепашки, но вместо храма приземляются в гущу битвы. В суматохе Микеланджело пропадает вместе со скипетром. Героям нужно отыскать брата и артефакт, чтобы вернуться домой. В современном Нью-Йорке тоже неспокойно, и