Попытка вернуть мать из мёртвых ломает семью Элриков. Младший брат Альфонс остаётся без тела, его душа заперта в пустых стальных доспехах. Старший Эдвард теряет ногу и руку, заменяя их протезами-автобронёй. Чтобы получить шанс на восстановление, Эдвард становится государственным алхимиком. Он вступает в ряды военной машины, которая использует его талант в своих целях. Путь к спасению брата оказывается переплетён с тёмными тайнами государства и запретной алхимией, открывающей дверь к силе,
В старой капсуле, спрятанной среди зелени, двое роботов находят спящего ребёнка. Тысячу лет люди не ступали на землю Эдема-3, и вера в них считается преступлением среди машин. Но сельскохозяйственные работники решают сохранить тайну и вырастить девочку вдали от чужих глаз. Сара растёт среди роботов-изгоев, но вопросы о собственном прошлом становятся всё громче. Ей нужно понять, кто она и откуда взялась, пока сообщество, где правят страх и запреты, не обнаружило её существование. Девушка ищет