Балто это бездомный пес, родившийся от волка и собаки, живущий в небольшом городке Ном, расположенном на Аляске. Местные жители боятся самца, из-за его родословной, поэтому ни одна семья не готова прибрать его к себе. Главному герою приходится ютиться на мусорной свалке, где он находит пропитание вместе с товарищем, гусем российского происхождения Борисом. Собаке очень нравится смотреть на гоночных сородичей, запряженных в упряжки. Он мечтает стать псом, который помогает людям.

Однажды в их населенном пункте началась эпидемия дифтерии, дети оказались в опасности. В маленькой больнице не нашлось вакцины против инфекции, в городке решили объявить карантин и крайнюю степень опасности распространения недуга. Каюры решили отправить своих подопечных в ближайший центр, чтобы через них передать необходимые лекарства для лечения недуга. Но на середине пути, собаки теряются в снежной буре. Балто узнает о трагедии и решается самостоятельно отправиться в путь, чтобы малыши поправились.

По дороге он находит потерявшуюся стаю, но погонщик находится без сознания. Животные решают самостоятельно разобраться в ситуации и начинают действовать, как единая команда.