Несмотря на то, что главным героям очень понравилась жизнь в дикой природе, Алекс, Марти, Мелман и Глория решили все-таки вернуться в родной для них Нью-Йорк. Но во время путешествия что-то снова идет не так, и главные герои оказываются в городе Монте-Карло. Здесь на них открывает охоту капитан Дюбуа – женщина, которая работает в специальной службе ветеринарного контроля. Жестокая, принципиальная и амбициозная, она сделает все возможное, чтобы поймать диких животных и посадить их в клетку. Во время побега Алекс и его друзья прыгают в вагон поезда к другим животным. Этими животными оказываются цирковые звери, которые направляются в Нью-Йорк, чтобы продемонстрировать свое новое шоу. Но чтобы добраться вместе с ними на поезде до Нью-Йорка, главные герои должны доказать, что они имеют прямое отношение к цирку, ведь поезд предназначен только для цирковых животных. Для жирафа Мелмана придумывают сложный акробатический трюк – хождение по канату, а зебра Марти должен играть роль клоуна. Главным героям ничего не остается, кроме как самостоятельно найти выход из сложившейся ситуации, ведь если их высадят из поезда – капитан Дюбуа обязательно до них доберется. Поэтому льву Алексу и его друзьям предстоит столкнуться с множеством сложностей, чтобы вернуться в родной зоопарк.