Во второй части уже полюбившимся зрителям героям Алексу, Марти, Мелману, Глории и пингвинам придется покинуть остров. Для этого пингвины починили старый заброшенный самолет, который находился на острове в джунглях много лет. С собой главные герои берут лемура Джулиана, который хочет увидеть мир. Казалось бы, самое ужасное время осталось позади: еще немного и Алекс вновь попадет в свой любимый зоопарк. Однако во время полета загорается красная кнопка – сигнал тревоги. Пингвины вынуждены совершить аварийную посадку, так и не добравшись до пункта назначения. Вновь оказавшись посреди дикой природы, лев Алекс и его друзья начинают унывать, ведь чтобы починить самолет – нужно не менее девяти месяцев, а значит, что почти год главные герои будут жить снова на диком острове. Но вскоре жизнь каждого героя в корне меняется. Алекс встречает родителей, с которыми его разлучили в детстве. Глория знакомится с бегемотом Мото-Мото, в которого она влюбляется. Марти находит стаю зебр, с которой теперь и проводит все свое время, а Мелман работает врачом в местной больнице для животных. Каждый из главных героев начинает понимать, что больше не хочет возвращаться к привычной жизни в зоопарке.